El carisma del P. Tomás Morales S.J. supone una nueva definición del término santidad, adaptándolo a las condiciones ordinarias de la vida moderna. Así, las Cruzadas de Santa María buscan la santidad en el trabajo profesional convertido en contemplación. El carisma de las Cruzadas de Santa María está intensamente ligado a la Virgen María y fuertemente influenciado por la espiritualidad de San Ignacio de Loyola (estilo educativo, su formación humana e intelectual, salvación de las almas), y Santa Teresa de Jesús (amor a la contemplación, a una vida de total intimidad con Cristo). El propio Instituto se define a sí mismo como “Tronco ignaciano con savia carmelitana”.